Die BI Freie Heide ist in den vergangenen Jahren wiederholt auch öffentlich geehrt worden. Dazu gehören die folgenden Auszeichnungen:

Carl-von-Ossietzky-Medaille (2003)

Ökumenischer Umweltpreis (2005)

Göttinger Friedenspreis (2007)

Regine-Hildebrandt-Preis (2008)